Я бы перво-наперво сходил и сбацал анализ крови именно на содержание магния. Ну и Магний Б6 действительно в похожем случае помогает (у меня похожее было лет пять назад, но зимой, когда я на лыжах перебегал).
Вторым пунктом программы обратил бы внимание на то, как организм одет во время катания. тут, с одной стороны, наждо лишнее тепло выводить в атмосферу планеты, а, с другой, не переохлаждаться.
Третий момент, раз идет разговор про ступни, возможно неправильно подобрана обувка. Мой знакомый жаловался на нечто похожее (болели кости в ступне). Замена обыкновенных кед (для хождения, даже не скейтерских), в которых он катался, на нечто с жесткой подошвой (трекинговые ботинки с вибрамом) спасли ситуацию.