Да ничего не мешает. Я баклажку в дальние заезды с собой тоже беру.
Только:
1. Гидратор больше (2-3 литра).
2. Гидратор безопаснее (я лично один раз достаточно болезненно убрался в процессе пользования бутылкой - рука была ей занята, а энергично тормозить одной рукой и удерживать при этом курс оказалось нереально).
3. Рюкзак для гидратора обычно неплохо термоизолирован, и намного дольше сохраняет жидкость холодной/теплой.