Да, острую боль нужно снимать. Упражнения должны быть либо не причиняющие боль, либо при выстраивании упражнения слушать тело и при любых болезненных ощущениях останавливаться.
Лично мне при хронических ноющих болях упражнения идут только на пользу, ими все снимается. Если случаются острые боли, то тоже стараюсь снимать все упражнениями, но это все можно делать только тогда, когда опыт в йоге уже достаточный, у меня уже четвертый год.