в отличии от SMB, ftp это отдельный сервис (служба) с открытым портом передающая все в открытом виде. Как правило запускается она под учеткой system (как и большинство служб). Сторонняя реализация такого сервера не оперирует токенами nt, у ftp в rfc изначально были свои локальные пользователи.
Для работы с SMB есть настройки по аутентификации, ее обеспечивает механизм винды.
ЗЫ ftp я привел в пример как службу для файловых операций (и которая в принципе ничего другого не умеет, чем можно было бы воспользоваться), не требующих никаких настроек и особых требований к системе (и установкой чуть ли не простым копированием). Самый примитивный механизм, с минимумом открытых портов и не привязанной ни к каким ОС. У меня на его основе свой сервер и клиент, где и по командному потоку и по транспортному передаются блоки зашифрованные (не все команды, тот же pasv путь роутером будет понят).