Вся территория ГБС РАН на основании Приказа Федерального агентства научных организаций от 29.02.2016 №2 н «Об утверждении Положения о Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Главном ботаническом саде им. Н.В. Цицина Российской академии наук как особо охраняемой природной территории Федерального значения» (далее Положение) относится к особо охраняемой природной территории (далее ООПТ) федерального значения. Согласно Положению в пределах территории ГБС РАН выделено несколько зон, из которых только рекреационная зона предназначена для прогулок посетителей. Административно-хозяйственная зона предназначена для обеспечения функционирования ГБС РАН, для рекреационных целей не используется. На научно-экспериментальную зону доступ разрешен только сотрудникам Учреждения. Указанная территория не предназначена для рекреационных целей. Научная зона регламентированного посещения предназначена для осмотра и посещения организованными группами и индивидуальными посетителями в установленном порядке. Иные виды рекреации в виде катания на велосипедах, роликах, самокатах, лыжах, лошадях, пикники, спортивные игры строго запрещены. Указанная территория включает в себя экспозиции: природной флоры, культурных растений, многолетних декоративных растений, розарий, оранжерейный комплекс, японский сад, теневой сад. В настоящее время открытия для посещения указанных экспозиций пока не согласовано. Научная зона свободного посещения допускает посещение и осмотр посетителями коллекционных фондов с соблюдением общих правил поведения ГБС РАН. На всей территории ботанического сада запрещена деятельность, влекущая за собой нарушение сохранности растительного, почвенного покрова, ландшафтов, коллекций и экспозиций; сбор любых растений, их частей и семян, кроме проводимого в научных целях в соответствии с научными задачами ГБС РАН; любая деятельность, влекущая за собой нарушение сохранности флористических объектов.