Из личного опыта...
Болит, скорее всего, не от педалирования, а от бега. А здесь уже вариантов масса... распространенные: неправильно подобрана беговая обувь под пронацию стопы, злоупотребление бегом по твердым покрытиям, неправильная техника бега (в основном постановка стопы)...
А на велосипеде просто проявляется при длительной нагрузке.