Я заметил, что точность привязки от map файла зависит. Иногда карту смотришь в гугле(если сделать её в формате KML), все объекты находятся чётко там, где нужно. И карта jnx из такого листа получается точной. А, если изначально привязка кривая, то и карта jnx будет кривой.