Совершенно очевидно, что трансмиссия МТБ "ниже", чем гибрида: 11-36 кассета и система 40-30-22 против 11-34 и 48-36-26 (можете сравнить в калькуляторе), но "выкрутить" 48-11 на 90-100 об/мин могут далеко не все (там к 60 км/ч можно БЫЛО БЫ подойти, если бы не воздух

)
На горном вы получаете "воздушную" вилку (хоть и простенькую) и 100 мм хода, на гибриде - 63 мм
Прикрутить (при желании/необходимости) багажник вы сможете на оба. Проблем с установкой полноразмерных крыльев (хотя МТБ и излишнее чистоплюйство как бы не совсем совместимы) - одинаковое количество.
С заменой покрышек история простая - поставить более узкие полуслики/слики в МТБ можно, а вот запихнуть широкие грязевые в гибрид - нет. Это если отвлечься от целесообразности процесса.
Геометрию рамы сильно не подкорректируешь, особенно - углов рулевой и подседельной труб.
ИМХО, приведенный пример двух сходных мерид совсем не упрощает выбор

Особенно если не иметь предпочтений. ИМХО, выбрав из них горный вы ни в чём не проиграете ПРИНЦИПИАЛЬНО. Хотите "быстро" - вам в сторону Merida Speeder смотреть.