Очевидно при автопаузе Гармин чаще следит за спутниками, чтобы вовремя отреагировать на возобновление движения. Стоп/старт режим, наверное, менее затратный (аккумулятора хватит на большее время).
Ну правильно, он заново ищет спутники и соответственно нужно время что-бы определить координаты и высоту.