сто раз с таким сталкивался.
причины:
-иногда сами педали скрипят, но редко. можно поставить другие на 10 минут и посмотреть.
-каретка (песок набился под чашки или между чашками и подшипниками). разобрать почистить, или поменять. частая причина.
-если квадрат/шлицы - возможно шатуны плохо затянуты
-может щелкать в неожиданных местах - подседельная труба, рулевая колонка и тп.