Ось под эксцентрик, как правило, практически никогда не бывает идеально ровной. У гайки тоже есть маленький люфт на резьбе, так что она не всегда строго перпендикулярна оси. Единственный нормальный способ не трахаться с выставлением калипера после каждого снятия колеса - нанести насечку на гайке и всегда ставить колесо с одним и тем же положением оси относительно дропаутов. Тогда всё будет пучком.
Хольт, Ставишь колесо, не затягивая эксцентрик, смотришь на зазор между диском и колодками и вращаешь ось (ключом или пальцами), ловя положение, при котором меньше всего чиркает. Окончательно устраняешь чиркание настройкой калипера и правкой диска, если гнутый.