Скорее всего запущенных проблем с коленями нет. Это можно проверить, посетив врача (вероятнее всего отошлет делать МРТ).
По посадке: проверить смещение седла вбок (относительно подседельного штыря), далее - попробовать сместить на 1-1.5 см седло назад (держаться либо у выноса, либо за мебель), смещение седла назад относительно каретки подразумевает и перестановку шипов (чуть кзади). Шипы на ботинках совсем не обязательно должны располагаться симметрично.
У меня две недели назад вообще произошло открытие, что руль на пару миллиметров влево уехал, когда я в августе поменял вынос. Но это на спину влияет.