А зачем вам Карта Wikimapia? Зачем вообще этот слой? Что в нём такого замечательного? Почему нельзя сделать jnx ГГЦ и в навигаторе включить вместе с Ситинавигатором или ТОПО?
Путь первый вообще ошибочный, не может навигатор отображать 2 наложенные картинки, ему пофиг что вы делали прозрачный слой, у него нет прозрачности.
Значит ваш путь приблизительно такой
Сделать
1 jnx ГШ 5км подложка (выкачанные)
2 ГШ 2км подложка
3 ГШ 1км или ГГЦ 500м+слой
4 ГГЦ 500м+слой
5 Космо+слой

Потом запихать если надо в один контейнер jnx и поставить ID, или каждой присвоить ID (с возможностью включать-выключать в навигаторе)