Вот так все должно заработать, ведь поставив ионисторы последовательно ты увеличил их рабочее напряжение, но при этом уменьшил емкость в два раза минимум, так что ставить только после стабилизатора и только параллельно, преобразователь настрой на 5.5 вольт на выходе и если боишься за диоды поставь перед ними токоограничивающее сопротивление. Светодиоды можешь попарно не ставить, напряжение светикам пофиг, а вот ток критичен.